这一系列的游戏剧情发生在26世纪初期的克普鲁星区（Korprulu Sector）——遥远的银河系中心，讲述了三个种族之间的斗争。
在任何游戏事件均未发生的亘古时期，一个名为“萨尔娜迦”（Xel'Naga）的种族曾经透过基因工程先后改造了星灵与异虫，试图创造出“纯净的物种”。[8]不幸的是，试验最终失败，并且萨尔娜迦几乎完全被异虫所消灭。[9] 在游戏剧情开始的数个世纪前，地球上的强权国际组织“地球联合理事会”（United Earth Directorate）发动了一项殖民计划用以解决地球上严重的人口问题。但是殖民舰队的电脑在运行途中出现故障，使得舰队严重偏离航向，最终迫降在了星灵领域的边缘。[10] 失去了与地球的联络，他们建立了各自的殖民行星并迅速发展起了科技。由于对人类的行为与潜在的精神能力产生了兴趣，星灵悄悄地监视着这里的人类，保护他们免受未知的威胁。然而，为了同化并吸收人类潜在的精神能力，异虫感染了数颗人类行星，但随后被星灵焚毁了。
星际争霸
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主条目：星际争霸 (游戏)
《星际争霸》的剧情开始于第一次异虫感染的几天之后。当时的统治政府“泰伦联邦（英语：Confederacy of Man）”（Confederacy of Man）由于同时遭受了异虫和星灵攻击而倍感恐慌。一支由阿克图尔斯·蒙斯克（英语：Arcturus Mengsk）（Arcturus Mengsk）领导的反叛军“克哈之子（英语：Sons of Korhal）”（Sons of Korhal）通过使用联邦的幽能科技将大量异虫吸引到了联邦的首都行星塔桑尼斯上，最终推翻了联邦。趁着联邦摧毁的权力真空，蒙斯克建立了新的“泰伦帝国（英语：Terran Dominion）”（Terran Dominion）。然而，在塔桑尼斯行星上的战斗中，蒙斯克抛弃了其部下莎拉·路易斯·凯瑞甘使其为异虫所俘获并感染；这也导致了蒙斯克的另一个部下吉姆·雷诺带领一支小型舰队离开了他。异虫将凯瑞甘带回了查尔行星上的主巢穴并使其重生，随后开始与塔萨达和黑暗圣堂武士泽拉图交战。在刺杀一只脑虫的过程中，泽拉图不慎与主宰产生了心灵链接并暴露了星灵的家园艾尔行星的位置。主宰迅速发动了对艾尔的全面入侵，意图获取星灵的基因，借此将异虫进化成最完美的种族。由于塔萨达一直与黑暗圣堂武士合作，因此被秘密议会视为叛徒，但他仍然选择与泽拉图回到艾尔，试图说服议会唯有联合黑暗圣堂武士的力量才能击败主宰，之后在吉姆·雷诺以及圣堂武士菲尼克斯的帮助下，于艾尔发动了对异虫的决战。最终，塔萨达驾驶旗舰，采用自杀式攻击，与强大的主宰同归于尽。[11]
星际争霸：惑星暴乱
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主条目：星际争霸：叛乱
讲述2504年，一个叫做勃朗特四号(Brontes IV)的人类殖民地被虫族血洗的惨剧。
星际争霸：天降神罚
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主条目：星际争霸：报应
讲述人类星灵异虫的三个英雄为了争夺可以统治全宇宙的阿古斯晶石(Argus Stone)而展开战斗的故事，这块神石源自140亿年前的前造物世纪，
星际争霸：母巢之战
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主条目：星际争霸：母巢之战
在《母巢之战》的剧情中，星灵的实质领导人变为泽拉图尔和阿塔尼斯。他们将幸存的星灵从艾尔撤到了黑暗圣堂武士的家乡莎库拉斯上。在这里，他们最终寻觅到了Uraj和Khalis两块水晶。待所有星灵撤回一座萨尔娜迦神庙后，两块水晶释放了它们的能量，摧毁了星球上的一切——包括异虫，还有黑暗圣堂武士的家园。与此同时，地球联合理事会（UED）的远征舰队来到了科普卢星区，地球强大的军事力量摧毁了泰伦帝国并俘获了异虫新的主宰。但由于萨米尔·杜兰的叛变导致未能俘虏蒙斯克大帝本人。这时，莎拉·凯瑞甘为了不让地球军控制科普卢星区以及重掌虫权，选择联合了雷诺、菲尼克斯和蒙斯克对地球联合理事会发动反攻，重新夺回了“泰伦帝国”首都克哈行星；在成功打击地球军后，没想到凯莉根却突然片面撕毁了同盟合作关系，杀死了蒙斯克的爱将埃德蒙·杜克将军以及星灵大将-菲尼克斯。这使得吉姆.雷诺再度离开了莎拉·凯瑞甘。随后，她胁迫泽拉图杀死了新生的主宰，使凯瑞甘统治了全部的虫族。在这之后，她击败了星灵、残余的UED和帝国，成为了整个星区内最强大的力量。她本人亦登基为“刀锋女王”（Queen of Blades）[12]
星际争霸II：自由之翼
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主条目：星际争霸II：自由之翼
在母巢之战结束几年后，对抗“泰伦帝国”毫无起色的吉姆·雷诺沦落在马尔萨拉行星 （Mar Sara）的一间酒吧。这时候吉姆的老友，泰凯斯·芬利突然出现，并自称与莫比斯基金会 （Moebius Foundation）达成交换条件，被释放出来帮助莫比斯基金会寻找分散的萨尔娜迦神器，并以莫比斯基金会会以高价购买神器为由邀请吉姆入伙。吉姆在缺乏资金发动更进一步的革命与行动的困境下，答应了泰凯斯协助他寻找神器的要求。吉姆在占领了当地泰伦帝国的矿厂后获取了第一个神器碎片。在等待撤离的同时，异虫却突然大举入侵马尔萨拉。吉姆与当地反叛军守候至马特·霍纳上将（Matthew Horner）与吉姆的旗舰海伯利昂号（Hyperion,中国大陆译名“休伯利安号”）一同撤离。在谈话之中，吉姆意识到凯瑞甘已带领异虫返回克普鲁星区并入侵许多“泰伦帝国”的核心世界。(注:中国大陆服务器译名不同，为“泰伦帝国”)
在获取神器碎片的途中，吉姆遇到了曾经的老战友：泽拉图，泽拉图给了吉姆一颗装有自身预言的伊翰水晶，警告吉姆刀锋女皇：凯瑞甘绝不能死，一旦凯瑞甘死亡，整个宇宙将会陷入万劫不复的深渊。
获取了神器碎片后，吉姆抵达会合点准备与莫比斯基金会的负责人会合，却也惊讶的发现莫比斯基金会的负责人是昔日死对头─阿克图洛斯‧蒙斯克的儿子：维勒安·蒙斯克王子。维勒安以能够使凯瑞甘变回人类的方法作为交换，让雷诺突击队与自治联盟部队结盟借此完成自己的父亲所办不到的事：消灭虫族。最后双方同心协力在查尔星上启动已经组合完成的神器，用其强大的能量波杀死所有虫族。而在最后吉姆与其他队员进入洞穴，扶起被能量波净化而虚弱的凯瑞甘时，泰凯斯终于露出了自己的本意：实际上他早跟阿克图洛斯达成了交易，只要杀死凯瑞甘就能换取自由之身。但最终泰凯斯仍不想背叛自己的战友吉姆而故意制造出空档，使自己被吉姆当场射杀。
星际争霸II：虫群之心
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游戏情节围绕异虫的首领刀锋女王凯瑞甘展开，在《自由之翼》的结尾，雷诺使用一个古老的萨尔那加神器终于击溃了异虫的进攻，将凯瑞甘恢复成人类；失去了领袖人物的异虫破裂为数个虫群分布在科普卢星区上，一个异虫的寄生女王扎加拉更是想取代凯瑞甘成为新的首领。
王储瓦伦里安为了确定凯瑞甘有多少部分回复到人类，将凯瑞甘隔离在研究所内进行很多实验和调查，而吉姆‧雷诺陪伴在凯瑞甘左右并不时给予其重要的支持和鼓励。然而蒙斯克派幽灵诺娃偷袭了研究所，吉姆不幸被逮捕，蒙斯克随即对外宣称已经将吉姆处决。为此，凯瑞甘踏上对蒙斯克的复仇之路，又在泽拉图的引导下回到虫群的诞生地，再次变身刀锋女王，重掌虫群各势力，并在数日后救出被囚禁的吉姆。
然而吉姆无法接受再次成为刀锋女王的凯瑞甘，却也无法下手杀死凯瑞甘，只得宣告两人分手。
凯瑞甘为了削弱泰伦帝国的力量，登上了泰伦帝国的科学研究设施:天矛太空站，但是当她突破外层进入设施时，却见到了塔達林星灵、混合体与莫比斯基金会的纳鲁德博士，她发现纳鲁德博士其实就是杜兰并与他战斗，当纳鲁德博士临死前声称他已经复活了萨尔纳加埃蒙。最后当凯瑞甘与异虫进攻克哈时，因为凯瑞甘使异虫部队按兵不动，让瓦伦里安疏散人民，吉姆看到后决定出动休伯利安号帮助凯瑞甘。在休伯利安号的支持下，凯瑞甘攻入皇宫，却不幸被蒙斯克使用神器压制了。关键时刻吉姆挺身而出将神器启动装置给破坏，让凯瑞甘得以处决蒙斯克。阿克图尔斯死后，凯瑞甘讨伐埃蒙的旅程展开了。
星际争霸II：虚空之遗
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星灵最年轻的执政官阿坦尼斯集结所有响应圣堂武士号召的族人，组成史上最豪华的黄金舰队，进行收复母星艾尔的作战。决战前夕，被认为出卖母星导致艾尔沦陷于异虫的暗影圣堂武士泽拉图现身，警告阿坦尼斯须将焦点放在幕后魔王埃蒙身上，否则星灵难逃灭亡命运。虽然相信泽拉图所说，但阿塔尼斯仍将收复母星列为优先选项，等星灵收复母星的瞬间，埃蒙发动当初创造星灵时埋藏在星灵沟通精神网络 - 卡拉 - 内的木马，俘虏了所有倚靠卡拉沟通的星灵人心智。不需使用卡拉的泽拉图牺牲自己，切断了被俘虏的阿塔尼斯神经束，解放了阿塔尼斯；自责不已的阿塔尼斯率领未被埃蒙俘虏的同胞，驾驶传说中的方舟 - 亚顿之矛出逃。失去了整批舰队的阿塔尼斯，为了收复母星与解放被束缚的同胞，他必须与其他不遵从卡拉之道，被放逐的同胞合作，达成真正的星灵团结，避免星灵灭亡的命运。
帝国指挥官吉姆雷诺，异虫女王莎拉凯瑞甘与达兰星灵大主教阿塔尼斯，受到不知名的力量召唤，前往宇宙最深沉之处决战堕落的萨尔纳加，星灵与异虫的造物主埃蒙。在那边，众人终于了解埃蒙的堕落与意图，同时间凯瑞甘也获得了他的天命，背负残杀数亿生灵的罪孽，转身成新生萨尔纳加，继续转动宇宙生命的轮回。